Όταν τα υλικά που πρόκειται να διαχωριστούν περνούν από μια μαγνητική στήλη σε λειτουργία, το μαγνητικό υλικό έλκεται από το ισχυρό μαγνητικό πεδίο, προκαλώντας τη συσσώρευσή του στη στήλη και τον διαχωρισμό του από το μη-μαγνητικό υλικό. Αντίστροφα, το μη-μαγνητικό υλικό ρέει έξω από την πλευρά της μαγνητικής στήλης.




